Arpaguš je rođen 1967. u Amasji (Gümüşhacıköy). Završio je Gümüşhacıköy Imam-Hatip srednju školu (1985) i Teološki fakultet Univerziteta Marmara (1990). Na istom fakultetu je 1992. počeo akademsku karijeru kao asistent; magistrirao 1994, doktorirao 2001, izabran u vanrednog profesora 2008. i redovnog profesora 2014. Između 2011–2021 bio je prodekan Teološkog fakulteta Univerziteta Marmara.
Arpaguš je 15. oktobra 2021. imenovan za muftiju Istanbula; paralelno je djelovao kao nastavnik i šef Odsjeka za sufizam na Marmari.
Istraživački fokus su mu historija, pojmovi i institucije islamskog sufizma, sa posebnim naglaskom na Mevlanu Dželaluddina Rumija, Mesneviju i mevlevijsku tradiciju. Među radovima su studije i edicije posvećene Mevlani/Mesneviji te autorima poput Ahmeda Avnija Konuka i Aziza Mahmuda Hüdâyîja.
